.: Apprendre à Chercher dans MEDLINE via PubMed :.

Voici un sujet de Thèse qui m'était recemment proposé par notre amie Nabila.


Je trouve que c'est un sujet interessant, il est bien visé, les infections nosocomiales n'arrêtent pas de faire des ravages dans les pays en développement, les projets qui ont été développés pour les combattre sont nombreux, je ne citerai que le projet EMPHIS (Euro Mediterranean Public Health Information System) auquel j'ai participé, et le projet NOSOBASE.

Je vais essayer de travailler avec vous sur ce sujet en vous expliquant pas à pas les différentes étapes pour mener une recherche correcte sur PubMed et plus précisement dans la Base Medline.

Si vous confondez toujours PubMed et Medline je vous envoie à cet Article :
[Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]

Comment concevoir une introduction pour un tel sujet ? voici un exemple :

1- Définir les infections nosocomiales : utiliser de préférence la définition de l'OMS quand il y a une.

2- Donner la Prévalence et l'Incidence des infections nosocomiales dans le monde. Voir aussi les rapports de l'OMS, sinon les articles scientifiques

3- Prevalence et incidence des infections nosocomiales dans son pays, dans le cas de Nabila au Maroc.

4- Prévalence ou incidence des infections nosocomiales induites par les plaques dentaires de manière générale puis en milieu de réanimation si possible , dans le monde.

5- on parvient enfin à la problématique posée par le Sujet :

Quelle serait la relation (Incidence) entre la plaque dentaire et la survenue de pneumopathie nosocomiale en milieu de réanimation au Maroc ?

Puisque c'est une Étude prospective sur 1 an dans plusieurs services de réanimation à Casablanca, je suppose que tu vascompter le nombre de cas trouver et par conséquent tu vas déterminer l'incidence (Nombre de nouveaux cas apparus pendant une année) de la pneumathie nosocomiale insuite par la plaque dentaire dans le milieu de réanimation.

C'est ce que j'ai compris du mot "relation", si je me trompe corrige moi Nabila STP

Pour formuler une équation de recherche, il faut prendre un papier et un Stylo [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

1- Écrire la Question de Recherche et Souligner les mots ou les expressions importantes.

Dans notre sujet quels seraient d'après vous les mots ou les expressions à souligner ?

Réponse immédiate : Les expressions à souligner sont les suivantes :

Relation entre la plaque dentaire et la survenue de pneumopathie nosocomiale en milieu de réanimation ?


2- On va faire une recherche dans la base de donnée Medline qui ne comprend que les mots clés MeSH (Medical Subject Headings), Pour ceci il faut :
- Traduire les mots et les expressions qu'on a souligné en anglais.
Dans notre cas :
* Plaque dentaire = dental plaque
* Infection nosocomiale = Nosocomial infection
* Milieu de réanimation = unité de soins intensifs = Intensive care unit

- Relier les mots et les expressions en utilisant les opérateurs Booléens AND , OR , NOT

Dans le cas de notre recherche nous allons utiliser l'opérateur AND puisque nous cherchons à la fois, les infections nosocomiales, les plaques dentaires et les soins intensifs, en terme d'ensembles, nous cherchons l'intersection entre les 3 ensembles !

Ainsi, Nous avons nos 3 expressions en anglais et nous les avons reliées par l'opérateur Booléen convenable, notre Equation de Recherche est alors :

Equation 1 : Nosocomial Infection AND Dental plaque AND Intensive care unit

Après avoir établi votre Equation de Recherche sur papier :

Equation 1 : Nosocomial Infection AND Dental plaque AND Intensive care unit

Maintenant il faut transformer nos 3 expressions en mots clés MeSH. PubMed offre la base MeSH GRATUITEMENT.


==> Aller sur PubMed : [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
sélectionner le lien MeSH Database.


[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]


Une fois sur la Base MeSH Database, vous saisissez les termes en anglais un par un dans le champ de recherche qui se trouve entre le mot "for" et le bouton "Go".

1- La première expression : dental plaque

Écrivez cette expression dans le champ de recherche désigné (Flèche 1) puis cliquez sur le bouton "Go" (Flèche 2)

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Vous obtenez 2 mots clés avec cette expression qui sont :
- dental plaque
- dental plaque index

Vous allez cocher le petit carreau en face du 1er mot clé "Dental Plaque" (Juste cocher le petit carreau sans cliquer sur le lien). (Flèche 1 de l'image)
Une fois le petit carreau est coché, vous allez dans le menu déroulant où c'est noté "Send to", vous ouvrez le menu déroulant en cliquant sur le petit triangle noir.(Flèche 2 de l'image).

Sélectionner : Search Box with AND (Flèche 3 de l'image)
Rappelez-vous on a dit qu'on va utiliser l'opérateur Booléen "AND".


[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]


2- Deuxième expression : Nosocomial infection

Saisissez l'expression "nosocomial infection" dans le champ de recherche, puis cliquer sur le bouton "Go"

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]


Vous obtenez une liste de suggestions de la part de PubMed, chose que vous n'avez pas obtenue avec la 1ère expression, Pourquoi?

Parce que la 1ère expression est elle même 1 mot clé MeSH. Quand l'expression que vous saisissez n'est pas un mot clé d'emblée, PubMed vous fait des suggestions pour vous aider à trouver le bon mot clé.

Dans notre cas on va ignorer les suggestions de PubMed et aller directement à la liste des mots clés proposés et qui comprend 1 seul Mot clé "Cross Infection", c'est le bon Mot clé.

Cocher le petit carreau en face du Mot clé "Cross Infection", puis allez dans le menu déroulant où c'est écrit "Send to" comme pour le 1er mot clé, vous allez sélectionner "Search Box with AND".


[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]


On va s'arrêter à ces 2 mots clés et ne pas ajouter le 3ème (celui de intensive care unit) car la recherche va être trop spécifiée et on risque de tomber sur très très peu d'articles voire rien du tout.

Donc une fois vous avez les 2 mots clés dans le "Search Box", vous avez obtenu une nouvelle Equation de Recherche, celle qui va vous permettre d'interroger la Base de Données MEDLINE :

Equation 2 = "Dental Plaque"[Mesh] AND "Cross Infection"[Mesh]

Notez Bien : l'Opérateur Booléen est toujours écrit en MAJUSCULES. C'est impératif pour que MEDLINE le comprenne en tant qu'Opérateur Booléen !

Maintenant vouscliquez sur le Bouton Magique "Search PubMed"


[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Je ne vous donne pas le résultat ..

Vous allez faire ces étapes et vous allez me dire combien d'articles vous avez trouvé pour voir si vous avez bien suivi toutes les étapes [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

C'est comme un jeu .. Qui va gagner ??? [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

A vos claviers .. surtout toi Nabila ! [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Bien sur ce n'est que la 1ère Éatpe !

Les Étapes qui suivront :
- Apprendre à limiter une Recherche sur PubMed
- Qu'est ce que Clipbord ?
- Qu'est ce que Related articles ?
- Apprendre à sauvegarder une Recherche
- Autres ... si vous voulez encore (fonction Index, History ..)

Soyez actifs, c'est presque une formation à distance de la part d'une experte dans le domaine qui s'offre à vous, sauf que elle n'est pas diplomante. Bien évidemment les séminaires et ateliers que je fais à la fac sont couronnés d'une attestation mais là .... [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image] L'essentiel pour moi ce n'est pas l'attestation mais apprendre !!!

Vous n'êtes pas de mon avis ?

Merci c'est très intéressant, j'ai trouvé 27 articles.

ahmedoux a écrit:Merci c'est très intéressant, j'ai trouvé 27 articles.

C'est ma citation préférée.

Merci pour ta participation ahmedoux [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Je donnerai la solution après la réponse de notre amie Nabila puisqu'elle est la plus concernée ! (c'est son sujet de thèse).

J'attends toutes vos questions, par exemple je ne me suis pas étalée sur la définition des opérateurs Booléens, leur rôle, comment les utiliser .. juste pour ne pas donner trop d'infos et encombrer les messages, mais je peux toujours répondre à vos questions si jamais il y a des points qui ne sont pas claires ! Cela me fera grand plaisir. Je suis contente qu'il y a déjà une personne qui a essayé

Vous pouvez proposer des sujets (de vos Thèses ou de vos Travaux) et on les utilisera comme exercice [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

J'ai ajouté des images capture ecran pour faciliter la compréhension. J'espère qu'elles apporteront un plus !

Demain inchallah vers 14h, heure tunisienne (GMT +1), je passerai à l'étape suivant qu'est :

La Fonction Clipboard

comme tu le dis seul le premier pas est difficile
mais tes explications ont rendu la recherche facile
j'ai trouvé 27 articles
merci beaucoup j'attends la prochaine étape

c génial ce sont des articles spécialisés, j'adore;;;;;;;,,,

Maintenant est ce que tu peux nous dire Nabila STP quels sont les articles qui te semblent plus interessants que les autres ?

il nous faut une séléction kit à enlever un seul et garder 26 !!!

Donne nous juste les numéros des articles que tu veux enlever.

Bonjour !

Avant de passer à la fonction Clipboard, nous allons essayer de décrire la page des résultats qu'on a obtenue avec les 27 références et essayer de bénéficier des options que nous offre l'interface PubMed !

les articles qui me sembles moins intéressants et que je peux enlever sont au nombre de 6:
2, 5, 9, 19, 21, 26

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image] ReDoc moi aussi j'ai trouvé les 27 articles [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]
j'attend l'étape suivante [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

1/ En haut de votre Page vous retrouvez automatiquement votre Éqution de Recherche : "Dental Plaque"[Mesh] AND "Cross Infection"[Mesh] (Flèche 1)

2/ En face de la Flèche 2 vous avez le nombre de Références qu'a générées votre Requête. Dans notre cas 27 articles au total, mais sur la page on ne oit que les 20 premiers articles classés par ordre chronologique du plus récent en plus ancien, comme l'indique la Flèche 3.

3/ La Flèche 4 indique la page où nous nous trouvons, nous sommes à la "Page 1". A côté il y a 2 boutons de part et d'autre pour naviguer entre les pages.

4/ En dessous du nombre des références, il y a les références classées par date comme on a dit de la plus récente à la plus ancienne. A Gauche de chaque référence se trouve le numéro de la référence et un petit carreau qu'on peut cocher et décocher (Flèche 5).

5/ Une référence est composée de :
- Titre de la référence : Flèche 6

- Nom des Auteurs : Flèche 7
- Nom du Journal qui a publié l'article, la date de la publication, le volum, le numéro de l'issu entre () et les pages de l'article dans le journal. Flèche 8.
- Le numéro qu'attribue PubMed à chaque article qu'il indexe dans sa Base "PMID". Et puis il nous rappelle que nous avons effectué notre recherche dans la Base MEDLINE parce qu'on a recherché avec les mots clés MeSH : [PubMed - indexed for MEDLINE] Flèche 9.
- En bas de chaque référence il y a un lien "Related articles" qu'on va détailler son rôle plus loin ! Flèche 10.

6/ Dans la colonne de Droite de la Page, on trouve les filtres, cela nous indique combien d'articles dans nos résultats existent en FullText par exemple. Flèche 11.

7/ Juste en-dessous il y a 3 box :
- le premier vous permet de sauter à une autre Base dans PubMed, base de Genome, Proteine ...etc. Flèche 12.
- le deuxième vous permet de retrouver votre équation de Recherche, de faire des modifications rapides sur l'équation et de relancer la recherche. Flèche 13.
- le dernier Box, notre votre activité récente sur l,interface PubMed ! Flèche14.


[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

1/ Souvent on obtient plus que 27 références, et donc il serait plus comode d'avoir le maximum d'articles devant lui pour pouvoir comparer et séléctionner celles qui vont le plus avec sa Recherche. PubMed vous permet d'afficher jusqu'à 200 références par page ! Pour se faire, Cliquez sur Le petit Triangle Noir (Flèche 15) juste à droite du lien Display Settings et séléctionner 50 dans l'option "items per page". Flèche 16.

2/ vous allez voir qu'en même temps PubMed vous offre la possiblité d'afficher les abstracts de vos références dans l'option "Format". Par défaut PubMed sort les sommaires "Summary" des références qu'on a décrit plus haut.
Vous allez Séléctionner "Abstract" pour voir les résumés quand ils existent, ce qui permet de faire un meilleur choix quand aux références qu'on va séléctionner et garder. Flèche 17.

3/ Par défaut PubMed ressort les références par ordre chronologique comme on l'a déjà décrit, mais il vous donne la possibilité de changer cet ordre et de ressortir les références par ordre alphabétique du nom du 1er Auteur, du dernier auteur, du Titre, du nom de Journal .. Le mieux dans cette étape est l'ordre chronologiaue car nous cherchons toujours les articles les plus récents ! Donc on ne va rien changer à l'option "Sort by".

4/ Cliquer sur le Bouton "Apply" . Flèche 17 bis.


[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Maintenant vous avez devant vous toutes les références (les 27) avec leur résumé !

Vous allez pouvoir lire les résumés et séléctionner ceux que vous voulez garder.

Nabila, puisque c'est son sujet de thèse l'a déjà fait sur papier et nous a communiqué les 6 articles qu'elle veut enlever (2, 5, 9, 19, 21, 26). par conséquent on va garger 21 références !

La fonction Clipboard nous permet de sauvegarder notre séléction pendant un certain temps.

Comment ?

1/ Vous allez cocher le petit carreau qui se trouve à gauche de ou des références que vous voulez garder.

Dans notre cas nous allons cocher les petits carreaux à gauche des références : 1 - 3 - 4 - 6 - 7 - 8 - 10 - 11 - 12 - 13 - 14 - 15 - 16 - 17 - 18 - 20 - 22 - 23 - 24 - 25 - 27.

Vérifier bien que vous avez cocher 21 références. C'est important pour pouvoir me suivre par la suite. On doit avoir exactement les mêmes références dans le clipboard.

Une fois vous avez effectué la sélection, vous allez Cliquer sur le petit Triangle Noir qui se trouve juste à Droite du lien send to qui se trouve en haut et à droite de votre page ! Flèche 18.

Ensuite sélectionnez "Clipboard" (Flèche 19) et cliquez sur le bouton "Add to Clipboard". Flèche 20

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Notez bien qu'en dessus du Bouton Add to Clipboard est noté le nombre d'item que vous allez envoyer à clipboard. Ici 21 items.

Si vous avez des difficultés à suivre n'hésitez pas de signaler les points difficiles .

A vos Claviers .. [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Bonne chance Nabila [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

t'es très didactique
c fait

encore merci redoc

nabila CHEKHLABI a écrit:t'es très didactique [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]
c fait [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

encore merci redoc

Je suis contente que tu as réussi à suivre toutes les étapes. [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Voici la page que vous obtenez après avoir cliqué sur le bouton "Add to clipboard" (J'ai envoyé les références à partir de la page des résultats affichés en mode Sommaire et non en mode Abstracts pour problème de lourdeur de page !) :

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Vous remarquez sur cette page :

1- un cadre vert où c'est noté que : 21 références ont été ajoutées au Clipboard.

2- juste en-dessous (encadré en rouge sur l'image), on vous avertit que les références seront effacées du Clipboardaprès 8 heures d'inactivation, et que le Clipboard ne peut supporter que 500 références pas plus !

3- Sous chaque référence ajoutée au Clipboard il est mentionné en vert "item in Clipboard" (Flèche 1)

4- En haut et à droite de la page vous avez le nombre total de références envoyées au Clipboard sous forme de lien : 21 items (Flèche 2). Pour afficher les références ajoutées au clipboard, il suffit de cliquer sur ce lien.

Voici la page que vous obtenez après avoir cliqué sur le lien :

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

1- Remarquez que vous êtes bien dans Clipboard et que vous avez bien 21 items qui ont été envoyées (cercle rouge sur l'image)

2- Juste en face un lien en vert : Remove all items : Si vous cliquez dessus vous supprimez toutes les références du Clipboard !!! Alors faites attention à ce lien [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

3- Un lien en bas de chaque référence en vert "Remove from clipboard", si vous cliquez dessus vous supprimez la référence du clipboard !



Les Étapes qui vont suivre inchallah :

- Sauvegarder une Requête en untilisant "My NCBI" pour pouvoir à tout moment savoir quelles références nouvelles sont ajoutées aux 27 références qu'on a trouvées avec les mots clés MeSH, en un seul click sans avoir à refaire tout le travail à chaque fois !


- L'étape d'après c'est l'utilisation de "Related Articles".


Dans certaines Recherches comme celle de Nabila, on obtient très peu de références insuffisantes pour une Thèse !


PubMed offre la possibilité de trouver plus de références et ce à partir des références qui vous semblent être dans le coeur de votre sujet. il utilise un algorythme très complexe pour comparer plusieurs variables et trouver les références des articles qui se rapprochent le plus des références qu'on a séléctionnées.


- La dernière étape sera le Full Text. Où le trouver (comment savoir où se trouve notre article) ? et comment faire ?


Je crois qu'on s'arrêtera à ce niveau, juste ce qu'il te faut Nabila sans s'approfondir !


Merci à ahmedoux, Faten HS et toi aussi Nabila pour votre participation ! [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

A demain inchallah pour la suite [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Salut

Nabila est ce que tu peux STP nous donner le Titre de l'article qui te semble être dans le coeur du sujet plus que les autres !

C'est pour le prendre comme exemple et expliquer le rôle de Related Articles . Tu feras la même chose pour les autres 20 références. A la fin j'espère tu obtiendras un nombre suffisant de références pertinantes pour ta thèse. Et on essayera de trouver leur FullText ensemble.

salam
il y en a plusieurs, je choisis le 16: Effect of gingival and dental plaque antiseptic decontamination on nosocomial infections acquired in the intensive care unit: a double-blind placebo-controlled multicenter study.
très grand merci

Ok Nabila , laisse moi un peu de temps pour préparer les images illustratives avec capture écran !

merci beaucoup doc c'est tres tres interessant
cette formation fait partie du cursus d'internat en france.comme je me trouve actuellement en france je voulais assister a la formation avec mes collegues francais.pas possible c'etait la reponse a laquelle g eu droit sous pretexte qu'ils etaient nombreux.
el hamdoulah je tombe par pure hasard sur vous et votre formation, alors pouvez vous me faire part docteur.

Biensur Mouloudov, il n'est jamais trop tard .. essaiez d'effectuer les 3 premières étapes qu'on vient d'effectuer et posez autant de questions que vous voulez !

Les étapes réalisées jusque là :

1- Formuler sur papier une équation de recherche

2- Trouver les mots clés MeSH et lancer la recherche sur PubMed

3- Séléctionner les références et envoyer la séléction sur Clipboard.

La prochaine étape sera : La sauvegarde de la recherche et de la séléction dans "My NCBI", cela vous éviterait de refaire tout le travail à chaque fois qu'on veut avancer et surtout cela vous permettra de savoir qu'est-ce qui a été ajouté à votre recherche juste en cliquant sur un bouton !

C'est mon ordinateur qui m'empêche pour le moment de faire les captures d'images pour mémoire vive insuffisante, mais je trouverai une solution inchallah.

On vous attend Mouloudov, faites nous signe si vous êtes bloqué à une étape ou quand vous achvez les étapes citées. Bon Courage [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Sujet de Thèse qu'on va prendre comme exercice :


Questions :

Q1: Quels sont les termes importants à souligner ?
Q2 : Quelle est leur traduction en anglais ?
Q3 : Quel(s) opérateur(s) faut-il utiliser ?
Q4 : Quelle est l'Equation de recherche finale ?
Q5 : Combien d'articles trouvez-vous en faisant la recherche grâce aux mots clés MeSH dans la base MEDLINE via l'interface PubMed ?

A vos claviers [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Réponse de NOUMIDIA :

j'ai cherché les mots clefs en anglais sur site Cismef Terminologie:

lymphome hodgkinien: hodgkin disease
anatomopathologie: pathology
clinique: sings and symptoms
évolution: evolution

ensuite j fait la recherche sur Pubmed. par

- hodgkin disease and pathology,
- puis par hodgkin disease and sings and symptoms,
- puis hodgkin disease and evolution.
- aussi, hodgkin disease and pathology and sings and symptoms.

alors j'ai obtenu plusieurs articles sur la clinique, mais sur l'anapath y a peu d'articles interessant, surtout que je cherche l'anapath de rate, le foie, la peau et la moelle osseuse dans le cadre de la maladie de hodgkin.


la 2eme chose c'est que j'arrive pas à trouver les articles qui n'ont pas fulltext sur Pubmed dans les autres bases.

PS : NOUMIDIA est-ce que vous êtes venu sur ce sujet "Apprendre à chercher dans MEDLINE via PubMed"en faisant votre recherche ?

salut dr redoc on attend tjrs la suite de la formation
1000000000000 merci rabi ychafi waldik

Bonjour

Je viens de découvrir que ce sujet a été partagé sur "Delicious" et sur un Blog aussi.

Lien de partage sur Delicious : [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
Lien sur le Blog "Bobobiblioblog" : C'est à droite de votre écran : [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]

Mon Blog y figure également [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Je voudrais remercier particulièrement :
- "bibpitie"
- Dr Philippe Eveillard le médecin et le journaliste
- "Flawrencepassmore" pour également le lien vers mon Blog ajouté sur son Blog "Grangeblanche" : [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
- et tous ceux (et celles) qui ont effectué le partage : [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]


C'est une belle récompense pour nos efforts, je dis bien "nos" parce que vous participer autant que moi à cette formation, vos sujets de thèses m'ont inspiré et sans vos questions et réponses cette formation ne réussira pas. Alors continuons .. Nous sommes sur le Bon Chemin ! [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

t'es extra-ordinaire ReDoc [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image] malheureusement j'ai pas assez de temps pour participer à cette formation [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]
bon courage et bonne continuation [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

salut Redoc! oui j'ai consulter"apprendre à chercher dans medline via pubmed" et j'ai suivé ses étapes.

Bonjour NOUMIDIA

Puisque vous avez visité ce sujet avant d'effectuer votre recherche sur PubMed, vous avez certainement remarqué que chaque participant donne à la fin le nombre de références d'articles qu'il a trouvé. En effet mon seul repère pour savoir si vous avez effectué correctement la recherche en utilisant la base MeSH c'est le nombre de références trouvées.

Comme pour le sujet de thèse de Nabila, où le nombre de références correct était de 27 références, chaque participant, et vous également NOUMIDIA, doit mentionner à la fin :

- L'Equation de recherche qu'il a utilisée telle qu'elle figure sur le "Search Box" de PubMed

- Le nombre de références trouvées pour chaque équation si vous utilisez plusieurs : 1000 ou 740 ou 200 ..etc. (un bout de papier et un crayon toujours à côté de vous quand vous faites une recherche sur PubMed !)

Vous avez utilisé 4 équations NOUMIDIA, donnez-nous le nombre de références trouvées pour chaque Equation, c'est impératif pour pouvoir continuer !

quel bon travail
je viens de voter pour ton esprit de participation et d'abnégation
continues et courage [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Bonjour tout le monde ! On va avancer un peu


Concernant le sujet de NOUMIDIA :


1/ Les termes à souligner sont :




Vous remarquez qu'en plus de souligner 4 termes j'ai ecrit en rouge l'expression lymphome hodgkinien. En effet, le concept principal dans ce sujet c'est le lymphome hodgkinien, les autres sont des variables de ce concept (des éléments descriptifs du concept).


Autrement dit on a un grand dossier qu'est le lymphome hodgkinien (LH) et dans ce dossier on a des sous-dossiers qui sont :
- L'anatomie pathologique du LH
- La clinique du LH
- L'evolution du LH


Vous comprenez qu'en affichant le contenu du grand dossier "lymphome hodgkinien", vous allez avoir entre autres les références des articles qui traitent l'anatomopathologie, la clinique et l'évolution du LH.


Dans ce cas on le choix entre :


a- Visualiser tout le contenu du dossier LH et faire par la suite la séléction manuelle concernant les 3 variables (anapath, clinique, éolution). Notez bien que ceci est possible quand le nombre de références contenues dans ce grand dossier n'est pas énorme ! On va voir ensemble si on obtient un chiffre acceptable ou qui dépasse toute capacité humaine [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]


b- Sinon, pour ce genre de sujet, PubMed a proposé une solution qu'est la suivante :


Choisir le concept principal dans les mots clés MeSH ensuite spécifier vos variables à étudier en cochant des petits carreaux tout simplement ! (on va revenir sur ce point avec plus de détails)


2/ La traduction des termes soulignés en anglais :


- Lymphome hodgkinien = Maladie de Hodgkin = Hodgkin Disease
- Anatomoie pathologique = Pathology
- Clinique = Signs and symptoms
- Evolution = Evolution

On va commencer par voir tout le contenu du dossier "Lymphome hodgkinien".

1- On va aller sur PubMed : [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
2- On clique sur : MeSH Database (Voir les schémas plus haut)
3- On saisit le terme en anglais "Hodgkin disease" dans le champ de recherche (en face du bouton GO -- Voir les schémas plus haut)
4- On clique sur le bouton GO
5- on obtient 1 seule proposition de mot clé, en effet l'expression "lymphoma disease" est elle même un mot clé. On coche le petit carreau qui se trouve à gauche, puis dans le menu déroulant "Send to" on sélectionne : Search Box with AND.
6- Une nouvelle page s'ouvre contenant cette fois le search Box avec l'expression : "Lymphoma, Disease[Mesh]". Cliquer sur le Bouton magique "Search PubMed" !
7- Et le travail est fini. vous allez me dire Combien de références vous obtenez ?

salut Redoc je m'exuse!je vous ai pas repondu la dernière fois car j'ai pas pu me connecté j'ai un prob de connexion.
alors pour le nombre d'articles que j'ai trouvé la dernière fois c'est 111 articles. pour l'anapath les articles qui sont interessant sont au nombre de 6.
les autres articles c sur la clinique, l'épidémio, le traitement.

OK NOUMIDIA , vous avez utilisé 4 équations, répondez moi avec précision SVP combien de références vous avez trouvé pour chacune.

Ensuite vous allez essayer de refaire la recherche en suivant le raisonnement que j'ai indiqué : Hodgkin Disease uniquement comme mot clé et vous nous dites combien de références vous trouvez.

C'est un exercice pour NOUMIDIA et pour tout le monde ! On vous attend [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Il me faut une bonne réponse pour pouvoir passer à l'étape suivante qu'est la LIMITATION DE LA RECHERCHE en utilisant la fonction "Limits".

En attendant vos réponses on va voir comment on enregistre une stratégie de recherche moyennant MyNCBI.

salut Redoc! j sais plus combien d'articles j'ai trouvé pour chacune des éqauation, j'ai rassemblé les articles dans un seul dossier.
j suis entrain de faire la recherche suivant votre raisonnement, par" hodgkin disease" comme mot clé.

Une fonction qui vous permet d'enregistrer vos stratégies de recherche et de les lancer de nouveau sans avoir à refaire les mêmes étapes à chaque fois, vous allez pouvoir visualisez directement la page des résultats.

Cette fonction vous permet également de savoir qu'est ce qui a été publié de nouveau depuis votre dernière visualisation de la page des résultats et ce grâce à un bouton magique "What's New".

My NCBI vous permet aussi d'enregistrer votre séléction de références préférées. Ainsi vous pouvez retrouver à tout moment vos références séléctionnées sans avoir à refaire quoi que ce soit !

Il y a bien d'autres services offerts par My NCBI mais on va se limiter à ces 3 qui à mon sens sont les plus utilisés et les plus importants.

1- Pour commencer : On va à la page d'accueil de PubMed : [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] et on clique sur le lien "MyNCBI" qui se trouver en haut et à droite de la page. (Voir la flèche sur l'image capture écran).

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

2- Une page s'ouvre vous demandant d'entrer votre Username et votre mot de passe. Comme vous n'avez pas encore de compte vous allez créer un. Pour ce, vous allez cliquer sur "Register for an account" (voir image)

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

3- Vous allez remplir les champs proposés, c'est simple et rapide, faites attention au nombre de caratères pour le username (3 minimum) et pour le mot de passe (6 minimum), l'adresse E-mail est facultative. Une fois vous avez rempli tous les champs (comme le montre l'exemple à l'image), vous cliquez sur le Bouton vert "Register" .

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

En cliquant sur le bouton "Register" vous obtenez la page suivante : avec votre "username" (cercle rouge) :

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

4- Vous allez rester connecté et vous commencez à effectuer votre recherche. Vous allez donc retrouver la page d'accueil de PubMed en cliquant sur le lien "PubMed" en haut et à gauche de la page (la flèche rouge sur le schéma).

5- Vous allez à base de données des mots clés MeSH en cliquant sur le lien "MeSH Database" (que vous connaissez très bien maintenant [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image] )

6- On va saisir le terme du sujet de recherche de NOUMIDIA qu'est : "Hodgkin Disease" ensuite on clique sur le bouton GO.

Comme on a dit ce dossier contient tout ce que NOUMIDIA cherche : L'aspect anatomo-pathologique, clinique et évolutif (schéma descriptif plus haut avec le titre : Concept = Hodgkin Disease). On n'a pas besoin d'aller chercher autrement sauf si le nombre de références obtenu est très élevé et dans ce cas on va juste procéder à la limitation des résultats mais aussi je vais vous montrer comment on cherche les variables d'un concept avec une méthode très facile !

salut Redoc, dans la première étape ca donne 28567 articles!

Bonne réponse NOUMIDIA [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Vous voyez qu'on a obtenu un nombre énorme de références (28567), cela signifie que votre sujet n'est pas trop précis, et même si vous allez spécifier par la suite les aspects cliniques, anatomopathologiques et évolutifs, ce n'est pas encore assez précis parce que vous restez dans le même concept et par concéquent dans le même grand dossier qu'est celui de Hodgkin Disease.

Pour préciser un sujet mieux vaut choisir deux concepts différents, ainsi on pourra faire l'intersection des deux ensembles comme le cas du premier exemple : Nosocomial infection AND Dental Plaque.

Je donne la correction pour "Hodgkin Disease" puis on continue [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Vérifiez d'abord que vous êtes connecté à My NCBI et que votre pseudo apparait en haut et à droite de la page.

1- Une fois vous avez saisi l'expression "Hdgkin Disease" dans le champ de recherche et vous avez cliqué sur le bouton GO, vous obtenez la page suivante avec un seul mot clé.

2- Suivez les étapes indiquées sur le schéma : cochez le petit carreau à gauche du mot clé "Hodgkin Disease", Ouvrez le menu déroulant "Send to", sélectionnez "Search box with AND"

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

3- Dans la page qui s'ouvre vous avez votre equation de recherche dans le Search Box ==> "Hodgkin Disease"[Mesh]. Vous allez cliquer sur le bouton "Search PubMed"

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

4- Vous obtenez la page de résultalts avec 28567 références, et vous remarqez à votre droite le nombre dans un cercle rouge de références dont le Full Text est disponible (3424) soit dans la base PubMed Central ou dans le site Web du Publisher (Éditeur du journal d'où est tiré l'article).

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

L'exemple de NOUMIDIA nous permet d'utiliser cette fonction parce qu'on a trouvé un grand nombre de références, ce qui n'était pas le cas avec l'exemple des infections nosocomiales donné par notre amie Nabila.

La fonction "Limits" va vous permettre de mettre quelques conditions pour les références que vous voulez visualiser lors de votre recherche.

Dans le cas de notre exemple "Hodgkin Disease", nous allons mettre les conditions suivantes :

- N'afficher que les références dont l'article original est en français ou en anglais ==> On va faire donc une limitation par Langue.

- N'afficher que les références des articles publiés dans les dernières 10 années. ==> On va faire une limitation par Date et j'estime que 10 ans c'est acceptable, pour ne passer à côté de certains articles interessants.

Pour limiter notre recherche et appliquer nos conditions, vous allez :

1- Cliquer sur le lien "Limits" en haut de la page

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

2- Dans la page qui s'ouvre, vous allez ouvrir le menu déroulant en face de "Published in the last" dans la rubrique «Dates» puis séléctionner "10 years".

3- Cocher le petit carreau à gauche de "English" et celui à gauche de "French" dans la rubrique «Languages»

4- cliquer sur le bouton "Search" en bas de la page.

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

5- Vous abtenez une nouvelle page de résultats avec cette fois ci 4138 références seulement ! C'est acceptable et vous pouvez les consulter une à une, cela vous prendra entre 3 et 4 heures mais cela vaut le coup quand il s'agit d'une recherche pour une thèse !!!

Vous remarquez sur cette page la présence de d'un réctangle jaune où est indiqué que la fonction Limits a été activée et on vous mentionne vos conditions de recherche : English, French, Published in the last 10 years.

Juste en face il y a un 2 liens : Change et Remove. Le premier c'est en cas où vous désirez changer vos conditions pour limiter la recherche, le deuxième c'est au cas où vous voulez annuler la limitation.

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Dans notre cas comme j'ai dit vous pouvez examiner les 4138 références une à une, sinon vous pouvez encore limiter votre recherche aux références là où il y a un abstract que vous pouvez visualiser, parce qu'un résumé est indispensable pour pouvoir juger du contenu de l'article, et voir s'il va parfaitement avec votre sujet ou pas. Le titre seul est insuffisant !

Pour changer vos conditions de limitation, vous cliquez sur le lien "change" dans le cadre jaune et dans la page qui s'ouvre vous cochez le petit carreau à gauche du mot "Abstracts" dans la rubrique «Text options» .

Remarque : Je ne vous conseille pas de sauter sur le lien fournit à droite de la page pour les "Free Full Text" (1107 références pour notre exmple après limitation) parce que vous pouvez passer à côté d'articles très importants dont le Full Text n'est pas fournit mais que vous pouvez trouver dans d'autres bases de données qui proposent le Full Text des articles ==> 17 Bases de données sont mentionnées sur le Blog Recherche Documentaire, rubrique : Recherche Bibliographique : Partie V.

Lien : [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]

salut dr redoc merci pour l'effort que vous faites pour nous
une question: comment avoir le texte integral??

Quand vous enregistrez votre Stratégie de Recherche, vous pouvez retrouver votre page de résultats à tout moment par un simple click sur le nom que vous avez choisi pour votre recherche !

Suivez les étapes suivantes :

1- Vérifier que vous êtes bien connecté à My NCBI et que votre pseudo se trouve en haut et à droite de la page.

2- Cliquer sur le lien "Save Search" en haut de la page

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

3- Dans la page qui s'ouvre on vous demande d'entrer le nom de votre recherche. Par défaut on vous met comme nom votre équation de recherche. Je vous conseille de ne rien changer et de garder l'équation de recherche comme nom, cela vous permettra facilement de la retrouver surtout si vous faites plusieurs stratégies pour un même travail de recherche.

Il faut noter que même la limitation de la recherche est enregistrée, vous n'aurez pas à refaire la limitation quand vous lancerez votre recherche.

4- Cliquer sur le bouton vert "Save" .

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

5- Vous obtenez une autre page qui vous demande si vous voulez recevoir les mises à jour par e-mail, faites votre choix et cliquez sur le bouton vert "Save" .

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

6- En cliquant sur le bouton "Save" vous retournez automatiquement à la page des résultats de votre recherche sauvegardée. Un réctangle vert apparait indiquant "Your search was saved", un lien en face "Edit your search settings" si vous voulez changer les paramêtres de votre recherche.

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Exercice 2 : Fonction "Limits"

Vous refaites la limitation de la recherche en ajoutant la condition "Abstracts".
Toutes les étapes sont expliquées ci-dessus, l'image vous aidera.

Vous me dites par la suite combien de références vous trouvez en appliquant les conditions : Published in the last 10 years, English, French, Abdtracts.

NOUMIDIA, vous nous dites SVP si vous avez choisi de travailler avec les résultats de la 1ère limitation (Published in the last 10 years, English, French) ou la 2ème limitation en ajoutant la condition Abstracts. Vous pouvez enregistrer les 2 stratégies dans My NBCI, il suffit de donner 2 noms différents, par exemple vous appelez la 2ème stratégie : « Hodgkin disease [Mesh] only with abstracts ».

salut Redoc!
aprés avoir ajouter la condition Abstracts j'ai obtenu 3346 articles.
je préfère travailler avec les résultats de la 2ème limitation en ajoutant la condition "abstracts"

Bonne réponse NOUMIDIA [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]

Mais est ce que vous avez remarqué que vous avez perdu des "Free Full Text" ? [Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]
Le nombre est passé de 1107 à 938. Ceci est du au fait que pour certains articles il n'y a pas de résumé sur PubMed mais il y a un lien qui vous envoie directement vers le texte Intégral de l'article sur le site Web du journal d'origine : Web site of Publisher.

Bien Faisons une mise au point :

Jusque là vous avez :

1- fait une recherche dans MEDLINE en utilisant le bon mot clé : Hodgkin Disease.

2- Vous avez limité votre recherche à : Only items with abstracts, Published in the last 10 years, English, French

3- Vous avez sauvegardé votre recherche dans My NCBI, ce qui vous permettra de la retrouver à tout moment.

Ce que vous allez pouvoir faire maintenant :

1- Vous pouvez afficher 200 références par page ==> Voir l'explication donnée en haut de ce sujet avec le sujet Nosocomial infection AND Dental plaque.

2- Vous pouvez afficher les résumés des articles pour pouvoir séléctionner les articles qui vont le plus avec votre sujet. Voir l'explication plus haut.

3- Vous allez pouvoir également envoyer votre séléction au fur et à mesure en passant d'une page à une autre dans le Clipboard, en cochant le petit carreau à gauche de chaque résumé d'article. Suivez les étapes décrites plus haut.

Attention :
- Ne passez pas d'une page à une autre avant d'envoyer la séléction dans le clipboard, vous risquez de perdre votre séléction !

- La séléction s'efface du Clipboard après 8 heures d'inactivation, donc quand vous commencez la séléction vous ne pouvez pas éteindre votre poste et vous absentez plus que 8 heures ==> Mieux vaut commencer la séléction en début de journée !

- Le but du Clipboard en plus de faire la séléction et vous débarrasser des articles dont vous n'avez pas besoin, c'est de pouvoir retrouver par la suite d'autres références interessantes à partir de celles séléctionnées en cliquant sur le lien "Related Articles" qui se trouve en bas de chaque référence ou résumé. Une nouvelle page de résultats va s'ouvrir, vous allez séléctionner d'autres références et les emvoyer au Clipboard. Pour les références qui sont déjà dans le Clipboard on va avoir la mention en vert "item in clipboard" ! C'est inutile de les envoyer de nouveau.

Vous allez pouvoir répéter cette opération avec "Related Articles" dans le Clipboard avec plusieurs références parmi celles séléctionnées depuis le 1er résultat ==> celui de 3346 références pour vous NOUMIDIA.

4- Une fois la séléction terminée vous allez pouvoir la sauvegarder elle aussi dans My NCBI avant de la perdre. Donc n'oubliez pas de SAUVEGARDER votre SÉLÉCTION avant de quitter PubMed !!!

Je vais vous expliquer comment faire ...