Charge virale dans les infections respiratoires pédiatriques

04/02/11
(JIM)
Pr Jean-Jacques Baudon

Les virus respiratoires peuvent être à l'origine d'infections bénignes des voies respiratoires supérieures mais aussi de tableaux plus sévères tels que des bronchiolites ou des pneumonies. Etant donné la grande variété des virus en cause, les déterminants de l'atteinte clinique et de sa localisation sont mal connus. Les méthodes de polymerase chain reaction en temps réel quantitatives (qPCR) sont plus performantes que les autres techniques (culture virale ou détection directe de l'antigène par fluorescence) pour détecter le virus et permettent de quantifier la charge virale. Le taux de détection de virus par cette méthode chez des sujets asymptomatiques est d'environ 2 %.
Une équipe de Vancouver a étudié rétrospectivement les produits d'aspiration nasopharyngée de 195 enfants de moins de 2 ans (6 mois ± 0,5), atteints d'infections des voies respiratoires supérieures (IVRS n=125) ou inférieures (IVRI n=70). La qPCR a été utilisée vis-à-vis de 13 virus respiratoires et les résultats comparés avec ceux de la culture virale et de l'immunofluorescence sur les mêmes échantillons.
Dans les IVRI, la proportion de garçons (67 %) était plus élevée que celle des filles alors que les deux sexes étaient à égalité dans les IVRS. La qPCR a identifié davantage de virus au cours des infections basses que hautes (94 % contre 83 % p=0,026) et la charge virale moyenne (exprimée en nombre de copies/ml en log) et le nombre de virus par prélèvement y étaient plus important (p<0,001 et p=0,007). Dans 11 cas, 2 virus ont été identifiés et 3 dans 2 cas ; 1 virus avait une charge dominante au cours de ces co-infections.
Les 13 virus recherchés ont été mis en évidence dans les IVRI comme les IVRS. Cependant, les enfants du groupe IVRI étaient infectés de façon prédominante par les VRS A et B et ceux du IVRS par le Parainfluenza 1 (PIV 1). La charge virale du PIV2 et des rhinovirus était significativement plus importante au cours des infections basses que des hautes.
En comparaison de la culture et de l'immunofluorescence, la qPCR a permis l'identification de plus de virus, y compris des coinfections avec un virus dominant et a mis en évidence plus de souches virales en particulier rhinovirus, coronavirus (-OC43, -229 E et -NL63) et métapneumovirus.
En conclusion, chez des enfants vus aux urgences hospitalières, la clinique est corrélée à la charge virale et la présence de certaines souches virales. La qPCR permet plus d'identifications que les autres méthodes.


Utokaparch S et coll. : The relationship between respiratory viral loads and diagnosis in children presenting to a pediatric hospital emergency department. Ped Infect Dis J. 2011;30:e18-e23

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